В романе «Монахиня» сюжет начинается с насильственного отправления главной героини в монастырь. Сюзанна — незаконнорожденная дочь, но долгое время не знает этого и не может понять неблагоприятного и бесчувственного отношения родителей. Несмотря на предательство со стороны матери, она уважительно к ней относится и не разглашает тайны своего рождения, хотя это и могло помочь ей освободиться от церковных пут. После неудачной попытки выйти из монастыря Сюзанна сбегает из обители и обретает долгожданную свободу.
Эпизоды произведения представляют собой отдельные письма, которые легко выстраиваются в одну линейную, логическую цепь событий. Момент, когда героиню заточают в Лоншанский монастырь, можно считать завязкой, так как с этого момента начинает разворачиваться нить драматических событий, которые после побега героини из монастыря резко обрываются. Структура сюжета ясна и наглядна, и содержит в себе завязку, развитие событий, кульминацию, когда Сюзанна сбежала из монастыря, осуществив свою мечту, и развязку в виде открытого финала. Такой конец даёт возможность читателю самому определить судьбу главной героини в положительную или отрицательную сторону. Возможно, такая незавершённость определяется, тем, что писатель творил в предреволюционное время и так и не дожил до завершения революции.
Исследователь творчества писателя К. Розенкранц пытался доказать, что в романе «Монахиня» дана критика не церковных догм, а лишь их извращения. «Если под христианской верой, — писал Розенкранц — подразумевать сумму моральных истин, изложенных в Евангелии, тогда нет противоречия между религией и философией XVIII в. Напротив, между ними имеется связь, гармония…».
В годы жизни философа членом монастыря мог стать каждый за определённую сумму, внесённую на пожертвование дому Господнему. «Ради тысячи экю монахини готовы лгать всю жизнь и готовить простодушных девочек на сорок, на пятьдесят лет жизни в отчаянии». В уста верующей Сюзанны Симонен, главной героини романа, Дидро вложил рассказ об ужасающем аморализме, который господствовал в монастырях, завуалированный рясой святости. В одном из своих размышлений Сюзанна сказала о монастыре следующие слова: «Где царствуют рабство и деспотизм? Где никогда не угасает злоба? Где кишат взлелеянные в молчании страсти? Где господствует жестокость и праздное любопытство?» Отклик на эти вопросы может быть только один: в обителях — этих темницах изгнанных, угнетённых и обреченных на терзания и лишения человеческого счастья и благополучия от удовлетворённости жизнью. Значимость романа Д. Дидро «Монахиня» — не только в обличении и разоблачении церковных истин, но и в небывалом и беспрецедентном изобличении феодально-религиозных принципов, препятствующих социальному прогрессу общества. Основываясь на том, что интеллектуальный и нравственный облик индивида формируется окружающей средой, Д. Дидро требовал упразднения монастырей, изолирующих человека от социума и природы. «Человек создан, чтобы жить в обществе. Разлучите его с ним, изолируйте его — и мысли его спутаются, характер ожесточится, сотни нелепых страстей зародятся в его душе, сумасбродные идеи пустят ростки в его мозгу, как дикий терновник среди пустыря».
Несмотря на простоту сюжета, произведение Денни Дидро «Монахиня», является сложным по внутреннему характеру содержания. В нём присутствуют элементы реализма, дидактизма и робинзонады, представляя сложное сочетание, направленное на чёткое, слаженное выражение единой концепции, на которой держится монолитность романа. Учитывая вышесказанное, «Монахиня» — это просветительский философский роман. Это произвеение — полемическое, для него характерно сатирическое выражение, и подтверждением служат слова Дидро: «Я не думаю, чтобы когда-нибудь была написана более ужасная сатира против монастырей». Для полемического романа характерно использование «…методологии нового ньютоновского естествознания». Так Дидро, помещая Сюзанну в различные монастыри, на примерах трёх настоятельниц показывает, до чего могут довести подавляемые индивидом желания.
