Сюжет строится вокруг исканий Филипа Вандердекена из Тернёзена, Нидерланды, для спасения души своего отца, — тот был обречён вечно плавать капитаном корабля-призрака за неисполненную клятву и убийство одного из членов экипажа при попытке пройти вокруг мыса Доброй Надежды. От умершей у него на руках матери, Филип узнаёт, что есть один способ упокоить душу отца, существующего в качестве призрака.
Филип выходит в море на множестве кораблей, работая на Голландскую Ост-Индскую компанию, и спасти дух отца может реликвия в виде Святого Креста, которую Филип носит на шее. Но поискам мешают как земные силы, так и неземные в виде «Летучего голландца», приносящего гибель всему сталкивающемуся с ним.
Главный герой Филип — молодой человек с порывистым характером. Он жил со своей матерью, но теперь двери дома много лет закрыты, так как перед смертью мать открыла Филипу семейную тайну. Отец Филипа был моряком, капитаном корабля. Во время своего последнего плавания из-за разразившегося шторма не в силах справиться с парусами, огибая мыс Доброй Надежды, капитан успокоил мятеж на корабле, выбросив за борт лидера мятежа, рулевого Шрифтера. Перед плаванием отец поклялся на носимой женой реликвии Святого Креста, что обогнёт мыс даже если придётся плыть на край света. Но при неудаче в море он сыпал проклятиями и богохульствовал. Его клятва была принята, и Бог осудил на вечное плавание в море без возможности вернуться домой, пока капитан не покается и не поцелует реликвию, на которой клялся.
Тем не менее, отцу Филипа было разрешено появиться перед женой в виде призрака, чтобы сообщить ей о возможном средстве спасения своей души. Филип, прочитав об этом в хранящемся в сейфе письме и найдя там же значительную сумму денег, решает взять на себя роль спасителя отца, считая это своим долгом перед ним.
Первым же препятствием становится кража реликвии врачом по имени Путс, лечащим мать Филипа, после кражи закрывшимся в своём доме. Филип, не будучи в состоянии проникнуть к нему, поджигает дверь, чтобы заставить открыть. На это в окне показывается красивая девушка Амина, дочь врача. которая выслушав требование обещает убедить своего отца вернуть реликвию, что она и делает.
Вскоре Филип и Амина влюбляются и женятся. Однако долг вынуждает его покинуть супругу и плыть в море. Филип из Амстердама перебирается в Ост-Индию в надежде встретить корабль-призрак отца. Проходит несколько месяцев и юноша уже почти позабыл о своих планах, которые к тому же он весьма смутно описал Амине, но появляется рулевой Шрифтер с посланием о том, что требуется выйти в море.
Шрифтер является вторым из основных препятствий на пути молодого Вандердекена. Во время морских плаваний Шрифтер подстрекает экипаж украсть у Филипа реликвию, чему тот противостоит, и это создаёт семейное сходство с капитаном корабля-призрака.
Используя магические способности, Амина пытается узнать о судьбе мужа и общается с духом его матери. Но это действо требовало помощи от посторонних, а Гоа, где находилась Амина, принадлежит к католической Португалии, с бушующей в то время святой инквизицией. Амину предают и обвиняют в ереси и колдовстве. Девушка отказывается покаяться и ведёт себя гордо. Инквизиция сжигает её на костре.
После потери любимой Филип уже безразличен ко всему и хочет только выполнить свою задачу и умереть.
Уже постарев, Филип снова видит не стареющего Шрифтера, понимая, кто тот. Он прощает рулевого за всё, что тот сделал. В ответ на это Шрифтер сообщает, что прощение злейшего врага и было условием для возможности догнать «Летучего голландца». Филип наконец передаёт отцу реликвию, после чего корабль-призрак с упокоенным экипажем, капитаном и самим Филипом погружается в морскую пучину.
История, прочитанная Филипом в письме, и история Катарины являются флешбэком. Остальное повествование идёт в хронологическом порядке.
