Роман разделён на четыре части, в которых события датируются годами «от сотворения мира».
Часть 1. 6963 год
В первой части появляются основные персонажи романа. Вогульский князь Асыка готовится изгнать всех русских из Перми. Асыка — хумляльт, колдун, который не может умереть, пока не достигнет своей цели. Знаток пермской земли и храмодел Васька Калина помогает ватаге ушкуйников, нанятой епископом Питиримом, похитить Золотую Бабу — таинственного идола пермяков и вогулов.
Князь Ермолай правит Пермью из Усть-Выма. Его жена давно умерла, у него осталось два сына — Михаил и Василий. Часть заканчивается набегом Асыки на Усть-Вым. Во время набега погибают епископ Питирим и князь Ермолай. Сотник Полюд спасает Михаила и пермскую девочку Тичерть.
Часть 2. 6969-6977 годы
Михаил уезжает в Великую Пермь, в Чердынь и показывает себя как мудрый правитель, сумев договориться с князьями многочисленных пермских городков о выплате ясака и с татарскими князьями о союзе. При нём остаётся верный сотник Полюд, появляются новые соратники — пермяк Бурмот, татарин Исур. В татарском городке Афкуле Михаил встречает считавшегося погибшим Ваську Калину, который станет верным другом Михаила на долгие годы. Выросшая Тичерть становится женой Михаила. Калина предупреждает его, что Тичерть — ламия, ведьма. У князя рождается сын — Матвей.
Из Перми Старой, где правит брат Михаила Василий, приезжает новый епископ Иона, который решает крестить пермяков. Неожиданно пропадает Полюд: он успел зажечь сигнальный огонь, предупреждающий о нападении вогулов, и погиб. Василий с войском направляется на Югру, вместе с ним идут ушкуйник Васька Скряба и Зырян (так его называет Василий, который не может выговорить его настоящее имя). Во время похода Василий погибает, пойдя в тайгу на поиски Золотой Бабы. Зырян возвращается в Чердынь и остаётся там служить. Михаил собирает поход на Югру. Войско успешно захватывает город Асыки — Пелым, а самого Асыку берёт в плен. Михаил хочет везти Асыку в Москву, но в Кае узнает, что татары осадили Вятку, и отпускает Асыку, который увозит Тичерть с собой.
Брат великого князя Ивана III Юрий Дмитровский прибывает в Чердынь и требует изгнать татар из Перми. Михаил не соглашается, фактически объявляя Москве войну.
Часть 3. 6980 год
Из Москвы на Пермь идёт большое войско, возглавляемое Фёдором Пёстрым Стародубским. Михаил созывает пермяков на борьбу, но не все откликаются. Московское войско захватывает городок за городком. К Пёстрому присоединяется епископ Иона, который совершил поджог в Чердыни и сбежал оттуда. Михаил уходит из сгоревшей крепости в город Искор, где правит отец его друга Бурмота — Качаим. Часть завершается разгромом Искора и пленением Михаила.
Часть 4. 6981-6990 годы
Фёдор Пёстрый пленяет Михаила и его ближайших соратников и отправляет их в Москву. После разговора с Иваном III Михаил решает ему подчиниться, и его отпускают в Пермь. Между тем Матвей подрос, он вступает в новую чердынскую дружину, собранную Пёстрым. Он ненавидит отца за трусость, за безволие, за то, что он не смог побороть судьбу и смирился со своим положением «князя без княжества». И действительно, кажется, что Михаил — оставил мысли о княжении, он не оспаривает власти князя Пестрого и епископа Филофея, а поселяется у крестьянина Нифонта, которому вместе с Калиной помогает растить хлеб.
Матвей пытается хотя бы внешне стать князем — он пытается найти поддержку у татар, но хотя ему и удается внушить уважение к себе, он невольно становится причиной несчастья незнакомой ему русской девочки-рабыни Маши — её жестоко наказывают плетьми на глазах у Матвея. Матвей обещает Маше выкупить её летом на рынке рабов в татарском городе Ибыре. Чтобы сдержать слово, Матвей вместе с Калиной отправляется в Ибыр, но трудная поездка в самый последний момент завершается неудачей. Матвею горько, что он не сдержал данного слова. И он, наконец, понимает, что не всегда человек может переломить судьбу. Он осознает, что был несправедлив к отцу, который знал ещё большие потери. Матвей просит отца вернуться к княжению. Михаил отстраивает Чердынь и пытается объяснить пермякам то, что слышал от Ивана III.
Асыка, следуя своей цели, снова нападает на Пермь. Сначала его сын Юмшан захватывает Покчу, где княжит Матвей. Матвею удаётся бежать в Чердынь. Следует долгая осада крепости, но тут к Михаилу на помощь из Перми Старой приходит войско. В финале романа Михаил отбивает нападение и спасает свою землю. Но стрелы Асыки Михаилу избежать не удается.
