Томас просыпается и обнаруживает, что находится в неосвещённом лифте, называемом «Ящиком». Он не помнит ничего, кроме своего имени; его разум очищен от воспоминаний, которые могли бы дать ему подсказки о его прошлой жизни и о нём самом. Когда лифт открывается, Томаса встречают другие подростки, которые принимают его в свой так называемый Глэйд, огромное квадратное пространство, окружённое с четырёх сторон гигантскими каменными стенами в сотни метров высотой, которые движутся каждую ночь. Глэйд и его обитатели, пятьдесят юношей, называющие себя «глэйдерами», окружены колоссальных размеров Лабиринтом, выбраться из которого за два года не смог никто. В самом Лабиринте обитают жуткие смертоносные чудовища гриверы — киборги, помесь машин и живых существ, которые убивают каждого, кто решится остаться в Лабиринте на ночь. Стены каждую ночь сдвигаются, защищая Глэйд от гриверов.
В Глэйде юноши делят между собой обязанности по мере своих способностей. Имеются должности поваров, мясников, садоводов и пр. Но Томаса по необъяснимой причине больше всех тянет стать бегуном - тем, кто каждый день с риском для жизни бежит в Лабиринт и запоминает расположение стен, которое каждый раз меняется. Некоторые глэйдеры недоверчиво относятся к Томасу, так как многие из них утверждают, что видели его, когда проходили через Метаморфозу — болезненное явление возвращения памяти на короткое время в результате укуса гривера. Особенно неприязненно к Томасу относится юноша по имени Галли. И всё же у Томаса появляются друзья и единомышленники, особенно к нему привязывается мальчик по имени Чак.
Всё меняется, когда Ящик впервые доставляет в Глэйд девушку. Томас понимает, что знает девушку и знает, что её зовут Тереза. В записке говорится, что она последняя и всё скоро закончится. Глэйдеры не понимают, что всё это может значить, помещают девушку в карантин и продолжают свои обычные занятия.
Однажды Минхо, один из бегунов, возвращается раньше обычного и сообщает, что нашёл в Лабиринте мёртвого гривера. Предводитель подростков Алби с бегуном идут проверить чудовище, однако тот внезапно оживает и жалит Алби. Минхо уносит предводителя на своих плечах, однако к закрытию дверей они не успевают. Это видит Томас и, несмотря на строжайший запрет не выходить в Лабиринт ни при каких условиях, бежит на помощь. Двери закрываются за Томасом. Трое юношей оказываются запертыми в Лабиринте.
На них нападают гриверы. Минхо, думая, что всё уже потеряно, убегает, а Томас решает спасти Алби. Он подвешивает его в воздухе с помощью плюща, а сам отвлекает гриверов, которые гонятся за ними. По пути он догоняет Минхо и они вместе бегут к «обрыву». «Обрыв» — это место, где между стенами виднеется гигантская пропасть. Минхо и Томас завлекают гриверов к обрыву и те падают в пропасть.
Утром обитатели Глэйда с изумлением встречают и приветствуют спасшихся. Только Галли пребывает в ярости от случившегося. После стычки на совете с Томасом Галли убегает в Лабиринт и пропадает в нём.
В это время просыпается Тереза и говорит: «Я положила начало концу». В тот же вечер двери Лабиринта не закрываются на ночь, а значит, гриверы могут беспрепятственно проникнуть в Глэйд.
Все готовятся к обороне, укрепляя стены Хомстеда, помещения, где они спят. В первую же ночь гриверы входят в Глэйд. Вместе с гриверами неожиданно врывается Галли, который кричит, что чудовища будут приходить каждую ночь и забирать одного из подростков, и сам кидается на съедение гриверам.
На следующее утро Томасу приходит в голову неожиданная идея. Он сравнивает между собой карты Лабиринта, собранные бегунами за два года и находит на них секретный код, а также решает пройти «Метаморфозу», чтобы к нему вернулись воспоминания из прошлой жизни.
Томас телепатически общается с Терезой. Ночью Томас намеренно даёт гриверу ужалить себя, получив таким образом воспоминания, которые подсказывают ему способ вырваться из Лабиринта. Вместе с ответом всплывает тот факт, что Томас и Тереза напрямую связаны с «ПОРОКом» — организацией, которая поместила подростков в Глейд. В тот же день Томас с друзьями реализуют свой план побега. Они пробираются ночью к обрыву, который они стали называть Норой гриверов. Пока все сражаются, Томас, Тереза и Чак пробираются в Нору гриверов. Наконец, отключив весь Лабиринт, они спасают выживших, которых осталось только 20.
Попав в странное помещение, глэйдеры замечают женщину в строгом костюме, а рядом Галли. По её приказу Галли бросает нож в Томаса, но его спасает Чак, который умирает у Томаса на руках. Жажда мести накрывает Томаса с головой, и он жестоко избивает Галли до полусмерти. После их спасают странно одетые люди. Но спасают ли?
