Развязка той части сюжета книги, которая относится к прошлому (XVII веку), имеет параллели с «Кодом да Винчи» Дэна Брауна: упомянуто найденное апокрифическое Евангелие (у Акунина — предположительно написанное Иудой Искариотом), публикация которого перевернула бы представление мира о Христе и христианстве, причём герой, одержимый идеей такого всеобщего просветительства, готов ради её исполнения пойти на что угодно, вплоть до убийства. При этом «Алтын-толобас» был опубликован двумя годами ранее «Кода да Винчи», так что говорить о заимствовании сюжета тут не приходится. Также интересно, что реальный текст, ставший известным как «Евангелие от Иуды», был опубликован ещё позднее, в 2006 году, о чём автор не мог знать в момент написания, и неоднозначен по трактовке.
Дом о тринадцати окнах на Таганской улице, в подвале которого якобы зарыта часть «либереи», существовал в Москве во время написания романа (№ 15, впоследствии заменён новоделом).