В основе эпоса лежит повествование о распре между двумя группами двоюродных братьев — пятью Пандавами (сыновьями царя Панду и царицы Кунти) и ста Кауравами (сыновьями царя Дхритараштры и царицы Гандхари). И Пандавы, и Кауравы являются отдалёнными потомками древнего царя Лунной династии по имени Куру, но сказание в большинстве случаев применяет родовое имя Кауравов к сыновьям Дхритараштры. Распря была инициирована старшим сыном Дхритараштры, коварным и властолюбивым Дурьодханой, у которого ещё в юности «от жадности к господству зародилось преступное намерение». Старый царь Дхритараштра потворствует наследнику, несмотря на осуждение божественных мудрецов, советников и старших родичей. В результате распря разгорается и через многие годы достигает кульминации в кровопролитной восемнадцатидневной битве на священном поле Курукшетре. Особый драматизм династическому конфликту придаёт участие самого могучего витязя — неузнанного старшего брата Пандавов Карны — в битве на стороне Кауравов.
Война между Пандавами и Кауравами имеет мифологическую подоплёку: по плану богов на Курукшетре должны быть истреблены воплотившиеся в Кауравах демоны данавы. Именно для того, чтобы провоцировать необходимый для начала вражды династический конфликт, Шивой в дар данавам создан Дурьодхана. Кроме того, из жертвенного алтаря чудесным способом рождена Драупади, которой суждено вызвать вражду кшатриев. Особая роль в замысле богов отводится Карне: по утверждению всеведущего Вьясы, сын Сурьи Карна появился на земле, чтобы сеять раздор.
Эпическое повествование занимает конец книги I и книги II—XI, причём в I книге Пандавы, получив в наследство полцарства, создают огромную и процветающую империю, во II книге Пандавы проигрывают царство Кауравам в ритуальной игре в кости и удаляются в тринадцатилетнее изгнание (книги III и IV), V книга целиком посвящена безуспешным попыткам разрешить конфликт средствами дипломатии, описанию битвы посвящены VI—X книги, a в XI книге происходит оплакивание павших героев. Перед битвой средний из братьев Пандавов Арджуна (и их самый могучий воин) отказывается участвовать в убийстве родичей, но Кришна, который стал его возничим, разрешает этические сомнения героя в знаменитой проповеди — «Бхагавад-гите». Великая битва на Курукшетре знаменует собой начало Кали-юги — четвёртой и последней, наихудшей эры нынешнего цикла истории человечества.
В битве Пандавы, поддержанные Кришной, победили, но ради победы неоднократно прибегали к коварным уловкам (убийство их деда Бхишмы, наставника Дроны, их родича праведного Бхуришраваса, племянника Гхатоткачи, их брата Карны и кузена Дурьодханы). Все Кауравы и их сыновья пали на поле боя (кроме их сводного брата Юютсу, перешедшего на сторону Пандавов), но и победоносные Пандавы потеряли всех сыновей и родичей. После победы старший Пандава царь Юдхиштхира, раскаиваясь в учинённом кровопролитии, хотел оставить царство и удалиться в лес для жизни отшельника, но под давлением уговоров божественных мудрецов и родичей (книги XII и XIII) об исполнении долга царя (раджадхармы) правил тридцать шесть лет (книги XIV и XV), не переставая осуждать себя за истребление родичей и друзей. Первые пятнадцать лет Юдхиштхира правит, воздавая почести и формально признавая главенство старого царя. Не в силах снести укоров и ненависти второго из братьев-Пандавов могучего и неукротимого Бхимасены, Дхритараштра удаляется в лес в сопровождении жены, советника и матери Пандавов Кунти. Последние двадцать лет Юдхиштхира правит царством самостоятельно. На склоне лет Пандавы вместе с общей женой Драупади оставляют царство и направляются в Гималаи, в пути умирают и возносятся на небо (книги XVII и XVIII). Собственно эпический сюжет занимает меньше половины объёма «Махабхараты», возможно дополнявшейся на протяжении столетий вставными новеллами и притчами на мифологические и религиозно-философские темы (некоторые учёные считают примером подобной поздней вставки «Бхагавад-гиту»). «Бхагавад-гита» — наиболее известная часть «Махабхараты» и важное священное писание индуизма (особенно вайшнавизма), многими почитаемое как одна из Упанишад («Гита-упанишада»).
