Весь рассказ — предсмертная записка человека, увидевшего Дагона. Плавая в редко посещаемых уголках Тихого океана, его корабль попадает в плен к немцам. Однако уже меньше чем через 5 дней рассказчику удаётся ускользнуть на маленькой шлюпке с достаточным количеством пищи и воды. В течение нескольких дней он плывёт, не встречая ни кораблей, ни земли.
В одну из ночей ему снится кошмар, и, проснувшись, он обнаруживает себя тонущим в вязком, чёрном болоте, довольно далеко от своей лодки. Всё вокруг усеяно костями разложившихся рыб, и в воздухе стоит ужасное зловоние. Судя по всему, это остров, образовавшийся при поднятии участка морского дна. Через три дня болото высыхает, и он отправляется к неведомой цели. Вдалеке виднеется довольно высокий холм. Рассказчик направляется к нему. За холмом находится ущелье, он спускается в него и видит там странный столб с древней, таинственной резьбой. И неожиданно, из толщи воды появляется Дагон и обхватывает столб своими руками. После чего главный герой, не помня себя, уплывает с острова на шлюпке, и находясь в состоянии временного помешательства, распевает жуткие и непонятные песнопения. Утром его находит американский корабль и везёт в Сан-Франциско, где главный герой приходит в сознание.
В конце рассказа человек выбрасывается из окна, не в силах больше выносить видения о Дагоне и страшную ломку от морфия, от которого он попал в зависимость, пытаясь забыть тот остров и Древнего Бога.
