Стальной алхимик

Эдвард и Альфонс Элрики — братья, живущие в деревне Ризембург в стране Аместрис. Их отец, Ван Гогенхейм, ушёл из дома, когда Эдвард и Альфонс были маленькими детьми. Спустя годы, их мать, Триша Элрик, умирает от неизлечимой болезни. После смерти матери Эдвард и Альфонс решают воскресить её с помощью алхимии. Для этого они изучают записи отца, посвящённые человеческому преобразованию, запретному разделу алхимии, с помощью которого теоретически можно даже возродить умершего человека. Братья пробуют провести трансмутацию, однако попытка проваливается, и в результате Эдвард теряет левую ногу, а Альфонс лишается тела. В отчаянной попытке спасти брата Эдвард жертвует своей правой рукой, чтобы прикрепить душу Альфонса к рыцарским доспехам. Альфонс относит искалеченного Эдварда к их подруге Винри Рокбелл и её бабушке Пинако. Их посещает Рой Мустанг, государственный алхимик, и предлагает Эдварду стать государственным алхимиком и работать на армию Аместриса. После того, как Винри и Пинако заменяют Эдварду утраченные конечности протезами-автобронёй, он решает поступить на службу в армию, чтобы получить доступ к архивам военных алхимиков, где, как полагает Эдвард, есть информация о том, как восстановить тела ему и его брату.

Эдвард становится государственным алхимиком. Это звание позволяет Эдварду использовать обширные ресурсы, чтобы найти способ вернуть потерянное братьями, но также превращает его в «живое оружие» армии («армейского пса»). Очень многие люди, которые встречаются братьям в пути, недружелюбно относятся к ним именно из-за звания, которое носит Эдвард. Однажды Эдвард и Альфонс узнают о философском камне, который, по слухам, может позволить алхимикам обходить закон равноценного обмена. Объявляется серийный убийца государственных алхимиков по прозвищу Шрам, ишварец, желающий отомстить Аместрису за истребление его народа. Продолжая поиски философского камня, Эдвард встречает доктора Марко, бывшего государственного алхимика, создававшего философский камень. Доктор Марко даёт Эдварду несколько зацепок для поиска информации о философском камне, в результате чего братья узнают, что сырьём для философского камня являются живые люди. Элрики проникают в заброшенную Пятую лабораторию, где, как они предполагают, и проводятся опыты по созданию философского камня, но двое людей, называющих себя Похотью и Завистью, разрушают лабораторию, чтобы скрыть улики. Маэс Хьюз, работник следственного отдела армии Аместриса, друг братьев Элриков и Роя Мустанга, решает начать собственное расследование, и узнать, как связаны война в Ишваре, философский камень и верхушка армии, но его убивает Зависть.

Тем временем Элрики отправляются в Даблис, к своей бывшей учительнице Идзуми Кёртис. Когда братья прибывают в Даблис, Альфонса похищает Жадность и его банда, состоящая из людей-химер, с целью узнать, как Эдвард прикрепил душу Альфонса к доспехам, и таким образом обрести бессмертие. Жадность рассказывает Альфонсу о гомункулах и о том, что он, а также фигурировавшие ранее в сюжете Похоть, Обжорство и Зависть — одни из них. Внезапно приезжает фюрер Кинг Брэдли с отрядом солдат и освобождает Альфонса, попутно убивая всех из банды Жадности. В битве с Жадностью выясняется, что фюрер — тоже гомункул, и его имя — Гнев. Фюрер доставляет Жадность к создателю гомункулов, Отцу, где тот лишает Жадность души и поглощает её. Эдвард знакомится с Линем Яо, принцем империи Синь, прибывшим в Аместрис на поиски философского камня, чтобы получить бессмертие. Так как Линь может чувствовать гомункулов, Эдвард просит его о помощи в борьбе против них. После того, как Мустанг убивает Похоть, Эдвард, Альфонс, Шрам, Линь и Мэй Чан, девочка-алхимик и принцесса Синь, также прибывшая на поиски бессмертия, проникают под землю, в логово Отца. Как оказывается, Отец по внешности идентичен Ван Гогенхейму, отцу Эдварда и Альфонса. Отец не убивает Элриков, говоря, что они ему нужны, и вставляет в Линя философский камень, превращая его в нового гомункула Жадность, Шраму и Мэй Чан удаётся спастись, освободив доктора Марко, захваченного гомункулами. После произошедшего фюрер берёт в заложники Винри и запрещает Эдварду участвовать в деле о философском камне. Рой Мустанг, узнав, что фюрер — гомункул, предпринимает попытку заговора против правительства, но терпит неудачу, так как всех подчинённых Мустанга рассылают в различные регионы Аместриса, а Лизу Хоукай, самую близкую из подчинённых, Кинг Бредли делает своим адъютантом, постоянно держа её при себе.

Обнаружив, что аместрийская алхимия не работала против Отца, а алкагестия Мэй Чан продолжала работать, Эдвард с братом отправляется на север, на поиски Мэй Чан, чтобы та научила их алкагестии. Тем временем Шрам, Мэй и Марко ищут записи брата Шрама, алхимика, ныне покойного. В записях брата Шрама написаны исследования алхимии и алкагестии. Эдвард и Альфонс прибывают в крепость Бриггс на границе с Драхмой, где их встречает генерал Оливия Армстронг. Неожиданно на самый нижний уровень Бриггса прорывается гомункул Лень, поразивший всех своей неуязвимостью. Эд, показав свою осведомлённость о гомункулах, отказывается отвечать на вопросы о них. Солдатам Бриггса удаётся захватить Лень, заморозив его. Как выясняется, Лень копал туннель, который, как предполагает Эдвард, окружает весь Аместрис и является частью гигантского алхимического круга для создания философского камня из всех его жителей. Лиза узнаёт, что Сэлим Брэдли, сын фюрера, также на самом деле гомункул — его истинное имя Гордыня, первый из семи гомункулов. Кинг Брэдли присылает Багрового алхимика Зольфа Джей Кимбли, чтобы тот убил Шрама, а вместе с ним и Винри, давая Элрикам понять, что жизнь Винри зависит от их действий. Кимбли требует от Эдварда принять участие в охоте на Шрама и Марко, обещая взамен отдать философский камень. Эдвард соглашается помочь Кимбли, хотя и не намерен использовать камень, чтобы не жертвовать человеческими душами ради своих целей. Братья отправляются на поиски Шрама, Винри решает сопровождать их. Винри, чтобы обмануть Кимбли, придумывает уловку с собственным похищением Шрамом, предварительно с ним договорившись.

Альфонс и Винри уезжают в город Лиор, где встречают Гогенхейма. Гогенхейм открывает тайну о своей связи с Отцом: много сотен лет назад, в городе-государстве Ксеркс, Гогенхейм был рабом под номером 23, кровь которого использовали для создания гомункула в колбе. Гомункул быстро подружился с рабом, дал ему имя, научил его читать, писать, считать и использовать алхимию. Царь Ксеркса, желая получить бессмертие, приказал гомункулу открыть секрет его получения. Гомункул обманом убедил правителя создать гигантский круг преобразования, с помощью которого, принеся всех жителей Ксеркса в жертву, создал философский камень и обзавёлся человеческим телом, за основу для которого взял тело Гогенхейма. Гогенхейм получил от гомункула в благодарность за помощь половину душ Ксеркса и стал живым философским камнем. Гомункул ушёл на запад, а Гогенхейм — на восток. Гомункул взял себе имя «Отец» и стал серым кардиналом Аместриса, на протяжении столетий готовя страну к трансмутации философского камня. Чтобы стать «выше» людей, Отец создал семь гомункулов — физических воплощений своих семи смертных грехов — и поместил в каждого часть своей души, отвечающую за этот грех. Гогенхейм же отправился на восток, в империю Синь, где научил местных жителей основам алхимии, которые позже дали начало алкагестии. Позже он прибыл в Аместрис, где познакомился с Тришей Элрик. К Жадности возвращаются воспоминания до убийства его Отцом, и он восстаёт против него во второй раз, становясь союзником Эдварда. Жадность рассказывает Эдварду об «Условленном дне», когда Отец хочет преобразовать Аместрис, как когда-то Ксеркс.

Мустанг вместе с Оливией решают устроить государственный переворот. Эдвард, Жадность и телохранители Линя вступают в стычку с Обжорством, однако Обжорство поглощает Гордыня. Наступает утро Условленного дня. Эдвард и его союзники уничтожают гомункулов Зависть, Лень, Гнева и Гордыню, а Гогенхейм пытается сразиться с Отцом, но Отец захватывает Гогенхейма, Эдварда, Альфонса, Идзуми и заставляет Мустанга совершить человеческое преобразование, из-за чего тот теряет зрение. Эти пять алхимиков совершали человеческое преобразование и являются «ценными жертвами», необходимыми для круга трансмутации философского камня. Все войны, которые вёл Аместрис на своей территории, в том числе и геноцид в Ишваре, также были подчинены этой же цели. Отец преобразовывает всё население Аместриса и поглощает Бога, обретя его могущество, однако из-за того, что Гогенхейм заранее оставил части своего философского камня на участках алхимического круга, договорившись с каждой из его душ, и создал свой, использующий принципы алкагестии, происходит обратная трансмутация, вернувшая души аместрийцев обратно в их тела. В результате Отец теряет контроль над Богом. Во время битвы с Отцом уничтожена механическая рука Эдварда, и Альфонс возвращает Истине свою душу, чтобы вернуть Эдварду правую руку. Во время битвы душа Жадности жертвует собой, чтобы сделать Отца уязвимым, в результате чего Линь перестаёт быть гомункулом. Эдвард уничтожает Отца, а затем жертвует Истине свои Врата, позволяющие ему пользоваться алхимией, чтобы вернуть Альфонса в его настоящем теле. Истина признаёт своё поражение перед Эдвардом и подчиняется ему, и Альфонс вновь оживает. Гогенхейм возвращается в Ризембург и мирно умирает перед могилой Триши. Через некоторое время Элрики также возвращаются в свой родной город, где их встречает Винри. Два года спустя после победы над Отцом братья разделяются и отправляются в путешествие, чтобы помочь всем тем, кто помог им в их путешествиях. В эпилоге показано, что Эдвард и Винри поженились и имеют двоих детей.