Книга построена как протест философа против несоответствий декларируемых христианской церковью принципов и реальной практикой христианской церкви в истории, а также несоответствию учения действительности. В тексте «Антихриста» активно критикуется апостол Павел, который, по словам Ницше, изобрёл Бога и дал в Евангелии «самое презренное из всех неисполнимых обещаний, — бесстыдное учение о личном бессмертии». Ницше утверждает, что Павел выдавал за доказательство посмертной жизни Иисуса Христа обычную галлюцинацию, а верящих в его учение он назвал идиотами.
Ницше отрицает наличие истинных христиан, кроме Иисуса Христа, говоря, что «в сущности был только один христианин, и он умер на кресте». Он обвиняет христианство, утверждает, что христианство всё подвергло порче и обесценила всякую ценность, а «из всякой истины она сделала ложь, из всего честного — душевную низость». «Равенство душ перед Богом» называет фальшью. Ницше также обвиняет христианство в том, что из «сильного человека», следующего своим инстинктам, оно сделало «негодного человека», «отверженца». Он определяет христианство как «деятельное сострадание ко всем неудачникам и слабым», и называет эту черту религии более вредной, чем любой порок. Сострадание, одну из важнейших христианских добродетелей, он отвергал, указывая, что она «действует угнетающим образом» и через неё «теряется сила». Религиозную веру он назвал «нежеланием знать истину».
Об отсутствии связи учения христианства и его морали с действительностью он писа́л следующее:
«Ни мораль, ни религия не соприкасаются в христианстве ни с какой точкой действительности. Чисто воображаемые причины („Бог“, „душа“, „Я“, „дух“, „свободная воля“, — или даже „несвободная“); чисто воображаемые действия („грех“, „искупление“, „милость“, „наказание“, „прощение греха“). Общение с воображаемыми существами („Бог“, „духи“, „души“); воображаемая наука о природе (антропоцентрическая; полное отсутствие понятия о естественных причинах); воображаемая психология (явное непонимание самого себя, толкование приятных или неприятных всем общих чувств — как, например, известных состояний nervus sympathicus — при помощи символического языка религиозно-моральной идиосинкразии, — „раскаяние“, „угрызение совести“, „искушение Дьявола“, „близость Бога“); воображаемая телеология („Царство Божье“, „Страшный суд“, „вечная жизнь“). — Этот мир чистых фикций сильно отличается не в свою пользу от мира грёз именно тем, что последний отражает действительность, тогда как первый извращает её, обесценивает, отрицает.»
Завершается работа обвинением христианства:
«Я называю христианство единым великим проклятием, единой великой внутренней порчей, единым великим инстинктом мести, для которого никакое средство не будет достаточно ядовито, коварно, низко, достаточно мало, — я называю его единым бессмертным, позорным пятном человечества…»
В «Антихристе» только намечены основные положения ницшеанской философии, и критика христианства является лишь одним из элементов учения Ницше.
