Год рождения его в точности неизвестен. Если основываться на свидетельстве писательницы Памфилы, он родился около 470 до н. э.; из слов же его биографа Маркеллина следует заключить, что он родился около 450 до н. э. Сам историк говорит, что в начале Пелопоннесской войны (431 до н. э.) он был уже в вполне зрелом возрасте и мог понимать и наблюдать…
совершающиеся события; кроме того, известно, что в 424 до н. э. Фукидид был уже стратегом; следовательно, имел тогда во всяком случае не менее 30 лет от роду. Вообще, вероятнее всего, что он родился около 460—455 г. до н. э. Таким образом, его молодость совпала с веком Перикла: он был современником Еврипида, софистов, Сократа.
Биография Фукидида в подробностях неизвестна. Сообщения его биографов, из которых главный — некий Маркеллин, не внушают доверия. Главными, достоверными сведениями являются сообщения самого историка, сделанные мимоходом. Принадлежал Фукидид к богатой и знатной фамилии: его предком был фракийский царь Олор, и он находился в родстве с семьёй Мильтиада. Фукидид обладал большими материальными средствами; во Фракии ему принадлежали золотые прииски и он пользовался там влиянием. В Афинах, по-видимому, он стоял близко к влиятельным лицам, в том числе, вероятно, и к Периклу, замечательную характеристику которого он представил.
Фукидид, как это доказывает его труд, получил прекрасное образование. Достигнув зрелого возраста, он принял участие в государственных и военных делах. Первые годы Пелопоннесской войны историк провёл в Афинах; во время эпидемии, разразившейся на второй год войны, он сам заболел этой страшной болезнью, которую потом описал. Когда спартанский полководец Брасид перенёс военные действия во Фракию (424 г.), Фукидид командовал эскадрой у острова Фасоса; он не успел предотвратить переход Амфиполя на сторону Брасида (приняв лишь меры к защите Эйона). Принуждённый, вследствие этого, отправиться в изгнание, он поселился в своём фракийском поместье, где на досуге мог составлять и обрабатывать свой труд, спокойно, в качестве зрителя, наблюдать за обеими воюющими сторонами и, в особенности, ближе стать к пелопоннесцам. Он посетил, по-видимому, многие места, бывшие театром войны, двор македонского царя Архелая, Сицилию и в частности Сиракузы, как это можно заключить по живому и точному описанию их окрестностей и осады. 20 лет провёл Фукидид в изгнании. По окончании Пелопоннесской войны (404 г.), вследствие амнистии (общей или, по некоторым известиям, особой, по предложению Энобия) он мог вернуться на родину, но вскоре умер (ок. 399—396; во всяком случае не позже 396 года, ибо он не знает восстановления Длинных стен Кононом и извержения Этны 396 г.), по мнению одних — в Афинах, по мнению других — на чужбине, во Фракии, или по дороге на родину. Есть известие, что умер он насильственной смертью.
