Столь же безрадостным было и пребывание людей на судах. До того как испанцы познакомились в Америке с подвесными койками — гамаками, люди спали где попало — на палубах, открытых всем ветрам. Страдавшие морской болезнью и дизентерией, больные цингой и пьяные — все вместе, вповалку. Из этого порочного круга было невозможно выбраться. Из-за того, что всегда ожидались большие людские потери, на суда нанималось больше «шакалов моря», чем того требовала экспедиция. А большая масса людей представляла идеальную почву для возникновения эпидемий.
Тем удивительнее было, что капитан Кук привел своих людей в порт Батавия почти без потерь. Но тут ему не повезло. Как раз в это время в Батавии свирепствовала эпидемия. Вскоре большинство членов экипажа свалила болезнь. Многим не удалось спастись. Одной из выживших «знаменитостей» была корабельная коза, которая проделала все это путешествие, поставляя офицерам молоко для кофе. До этого она уже сопровождала морскую экспедицию и теперь стала единственной козой в мире, совершившей два кругосветных плавания.