После атаки Киры, последнего мага монохрома, на Орден книгочеев и предательства со стороны Агаты — её союзника-персонажа из серии фэнтези-книг — последняя приобретает невероятные способности, позволяющие ей переписывать реальность по собственному желанию. Лилия Романова (главная героиня оригинального «Экслибриума», а также начинающий книгочей), её друзья и частично разрушенный Орден книгочеев пытаются найти Агату, прежде чем она воспользуется своей властью. Однако сама Агата не спешит менять реальность — вместо этого она пленит авторов своей книги: молодую писательницу Елену и её заказчика Аполлона. Она запечатывает их в свою книгу, чтобы те на собственном опыте прочувствовали все страдания, через которые пришлось пройти ей самой (сюжет «Жизнь вторая»).

Агата работает не в одиночку: к ней присоединяется бывшая глава Настоящей Московской Библиотеки Ангелина Евгеньевна, пытающаяся воскресить своего персонажа Соловья, погибшего во время атаки на Орден. У неё получается, но, несмотря на все старания, Соловей теряет большую часть воспоминаний о своей прошлой жизни. Книгочеям удаётся узнать об этом, а также найти их логово — постоянно перемещающегося Дракона в форме автобуса (сюжет «Безвозвратно»). Пока они готовят нападение с целью освободить похищенных авторов, сами Елена и Аполлон пытаются выжить в недружелюбных условиях книги. На них нападает стая волков-оборотней, и от неминуемой гибели их спасает незнакомец, вооружённый косой. Незнакомцем оказывается Кира, лишённая силы монохрома. Она была воскрешена Агатой и заточена в её книге. Без своей силы Кира быстро взрослеет из девочки-подростка в молодую женщину. Все трое помогают друг другу, и в итоге им удаётся сбежать из заточения (сюжет «Купель Дракона»).

Пока остальные книгочеи планируют выманить Ангелину Евгеньевну с помощью её друга Владимира, которого они держали у себя под стражей, Матвей Корецкий, друг Лили, решает поговорить с Лизой — бывшей соратницей Агаты и Киры, убившей нескольких книгочеев во время сражения незадолго до нападения на Орден. Из схватки Лиза вышла единственной выжившей, но была заражена чернилами, из-за чего сама невольно становится книгочейкой. Она рассказывает Матвею, что вместе со своим отцом Николаем помогала Кире и Агате уничтожить Орден из-за смерти своей матери, которая, как выясняется, была книгочейкой и погибла в сражении с первой Агатой, выпущенной Александром Алиновским (сюжет «Щепки»). Тем временем книгочеи инсценируют нападение на Владимира. Ангелина, видя, что её другу грозит опасность, появляется на поле боя и спасает его. Пока между Ангелиной и книгочеями разгорается бой, Лиля с друзьями нападает на след Елены и Аполлона, однако слишком поздно — те уже успели самостоятельно покинуть книгу (сюжет «Точка сборки»).