Опираясь на показания подавляющего большинства свидетелей, комиссия пришла к выводу, что царевичу «смерть прилучилась Божиим судом», и во время падучей он «самозаклался». Нагих обвинили в подстрекательстве к бунту и убийствам; угличан выслали в Сибирь, где населили ими целый город — Пелым. Однако официальное заключение следственной комиссии не успокоило взбудораженные умы. Обвинение Годунова в организации убийства широко распространилось в народе, и уже никакие меры правителя спасти свою репутацию не имели успеха. И руководство войсками, собранными для отражения нашествия крымского хана, и щедрая раздача милостыни пострадавшим во время московских пожаров — все это трактовалось в худшую для Годунова сторону: говорили, что он сам и призвал на Русь крымского хана, он же поджег Москву с тем, «чтобы одна беда перебила другую, и каждый больше скорбел бы о собственном несчастье, нежели о смерти царевича».