Опасаясь мятежа детей боярских, царь проявлял особую заботу об укреплении своей безопасности. Его резиденции в разных местах страны были сильно укреплены, столица его опричного удела — Александрова слобода превращена в неприступную крепость. Одновременно царь использовал все более жестокие меры для подавления недовольных.
Террор особенно усилился с осени 1567 г., когда царь получил сведения, что недовольные земские бояре хотели бы видеть на троне его двоюродного брата, князя Владимира Андреевича. Главного среди недовольных, боярина Ивана Петровича Федорова, царь сам заколол И сентября 1568 г. Тело убитого было брошено в навозную яму. После этого Иван IV с опричниками объехал расположенные в разных уездах страны вотчины И. П. Федорова. Опричники убивали боярских слуг, истребляли скот, сжигали боярские дворы с находившимися там запасами хлеба. Против массовых казней десятков и сотен человек выступил глава русской церкви — митрополит Филипп, который во время торжественного богослужения в Успенском соборе потребовал справедливого суда над обвиненными и наказания клеветников, по доносам которых производились казни. По требованию царя 4 ноября 1568 г. собор епископов сместил Филиппа с митрополичьей кафедры, затем он подвергся публичному поруганию и был заточен в Тверском Огроче монастыре, где его позднее задушил главный палач царя Малюта Скуратов. Осенью 1569 г. царь приказал отравить князя Владимира Андреевича Старицкого вместе с его семьей.
Особенно жестокие меры были предприняты в отношении Новгорода и Новгородской земли, когда к царю поступили сведения, что новгородцы якобы хотят перейти под власть великого князя литовского и польского короля Сигизмунда II Августа. Когда в начале января 1570 г. царь с опричным войском подошел к Новгороду, начавшиеся здесь преследования и казни далеко превзошли все, что было до этого. Приказной аппарат, управлявший Новгородской землей, был истреблен почти полностью. Вместе с приказными людьми подверглись казни многие приближенные новгородского архиепископа и новгородские дети боярские. По Новгородской земле ходили отряды опричников, сжигая усадьбы «изменников» вместе с находившимися там запасами хлеба и скотом. Иван IV наложил свою тяжелую руку и на новгородское духовенство. Казна новгородских монастырей была конфискована, а затем монастырских старцев поставили на правеж и били палками, требуя от них денег. Наконец, царь забрал себе все товары, находившиеся в амбарах и лавках на новгородском торге, а дома посадских людей были разграблены опричниками. Так, карая «изменников», царь одновременно добывал средства, необходимые для ведения Ливонской войны.