Гермес — один из немногих олимпийских богов, которые не потеряют своей религиозной актуальности после кризиса «классической» религии и не пропадут после триумфа христианства. Превратившись в Тота и Меркурия, он вновь войдет в моду в эллинистический период, а как Гермес Трисмегист («трижды величайший») просуществует с помощью алхимии и герметизма до XVII в. Уже греческие философы видят в Гермесе персонификацию мышления. Он обладает всеми формами знания, особенно тайного; это делает его "главой чародеев", победившим силы тьмы, ибо "он знает все и может все". Эпизод в «Одиссее» с магической травой moly получит различные аллегорические толкования как у греков, так и у христианских авторов. В этом растении, которое спасло Одиссея от участи его товарищей, превращенных Киркой в свиней, будет усматриваться дух, противостоящий инстинкту, или образование, очищающее душу. А Гермеса, отождествленного философами с Логосом, отцы церкви будут сравнивать с Христом, потом же, во времена Возрождения, появятся бесчисленные алхимики, по-своему толкующие Гермеса.