В ноябре 1405 года после смерти своего старшего брата Николая Ян стал наследником своего отца. В июне 1410 года после смерти Болько III его сыновья Ян и Генрих II получили в совместное владение Зембицкое княжество. В марте 1420 года после смерти своего бездетного младшего брата и соправителя Генриха II (ок. 1396—1420) Ян стал единоличном в Зембицком княжестве. Так же, как и его отец, Ян Зембицкий верой и правдой служил своим сюзеренам, королям Чехии из Люксембургской династии.
В начале своего правления князь Ян Зембицкий на стороне Тевтонского ордена участвовал войне с Польшей (1409—1411). Участие князя Зембицкого, являвшегося агентом на службе Тевтонского ордена, ограничилось участием в битве под Тухолей 4 ноября 1410 года. Во время битвы князь вместе с другими дворянами и рыцарями бежал с поля боя.
6 января 1420 года князь Ян Зембицкий вместе с другими силезскими князьями участвовал в имперском съезде во Вроцлаве, организованного Сигизмундом Люксембургским.
Влияние князя на политику в Силезии было ничтожным, так как он управлял небольшим княжеством со столицей в Зембице. По этим причинам большим сюрпризом для историков является факт бракосочетания в 1408 году Яна Зембицкого с Елизаветой Лачкфи (ум. 1424), вдовой крупнейшего польского магната Спытко из Мельштына и дочерью воеводы Трансильвании Эмерика Лачкфи. Этот брак принес Яну Зембицкому огромное приданое и финансовую независимость. Дело было более странным потому, что первый муж Елизаветы был одним из самых ближайших советников короля Польши Владислава II Ягелло, давнего врага императора Священной Римской империи, венгерского и чешского короля Сигизмунда Люксембургского, сюзерена Яна Зембицкого. Кроме того, несмотря на враждебную политику короля Сигизмунда, Елизавета успешно продолжил свои многочисленные контакты с польской знатью, даже после брака с князем Яном Зембицким. Брак оказался бездетным, поэтому Ян был последним мужским представителем зембицкой линии Силезских Пястов.
В 1428 году над княжеством нависла опасность вторжения гуситских войск. Первоначально, не имея шансов на победу, князь Ян Зембицкий вместе с князем Людвиком II Бжегским заключил соглашение с гуситами, обязуясь не препятствовать продвижению гуситских войск через свои владения. Но по неизвестным причинам, Ян Зембицкий нарушил условия договора и принял участие в войне против чешских гуситов.
27 декабря 1428 года князь Ян Зембицкий погиб в битве с гуситами при Стары-Велиславом в Клодзкой котловине. Причиной поражения было безрассудное нападение на гуситский вагенбург (укрепленный походный табор). Неизвестно, где князь был похоронен. На предполагаемом месте его гибели стоит часовня, построенная в 1904—1905 годах по проекту немецкого архитектора Людвига Шнайдера.
После смерти бездетного князя Яна Зембицкое княжество было включено в состав Чешского королевства. Это продолжалось до 1453 года, когда король Венгрии и Чехии Ладислав Постум передал Зембице во владение крупному чешскому магнату и умеренному гуситу Йиржи из Подебрад.
