Происхождение Мерлина, как и жизнь, окутано мифами. Согласно одним источникам, его мать была одной из чистейших и добрейших девушек за историю человечества, и зло никогда не рождалось в её душе. Дьявол искал путей к ней, но не находил. Однажды её сестра, злая женщина и полная ей противоположность, пришла домой пьяной и начала несправедливо бранить и оскорблять сестру. Девушка разгневалась, открыв тем самым свою душу злу, и дьявол овладел ею. Так был зачат Мерлин. Во время беременности она молила Бога, чтобы он помиловал её и ребёнка, а также обращалась за помощью-советом к своему духовнику-священнику Блезу. Блез решил, что следует «окрестить Мерлина, сразу по его рождению» — окрестив Мерлина, Блез уничтожил «всё тёмное наследие Мерлина», но у Мерлина остались необычайные «способности мудреца и провидца».

Согласно другой легенде, Мерлин родился в городе Уэльс в 500-х годах, мать его была обычной девушкой, а отец волшебником. С ранних лет маленький Мерлин старался волховать и пророчествовать. Ему повиновались все звери и птицы, а олени и филины часто были спутниками его игр. Мерлин был добрейшим мальчиком — всем помогал, давал советы. Он был полностью доволен жизнью, пока король Вортирген не позвал его усмирить двух драконов. И тогда все окончательно узнали, что Мерлин — волшебник.