Поступил в Марбургский университет на факультет медицины, перевёлся в Цюрих, где защитил докторскую диссертацию. В клинике Бурхольцли он познакомился с Карлом Абрахамом и Карлом Густавом Юнгом и начал заниматься психоанализом.

Вступил в его Венское психоаналитическое общество; он прошёл дидактический психоанализ у Фрейда и начал частную практику. После переезда в Берлин совместно с Карлом Абрахамом создал и развил Берлинское психоаналитическое общество, Берлинский институт психоанализа, библиотеку и издательство.

Эйтингон предложил для психоаналитического сообщества образовательную систему, состоящей из личного анализа и супервизорского контроля.