Фон Брюкке был университетским преподавателем Зигмунда Фрейда, оказал на него большое влияние, в частности натолкнув его на теорию психодинамики, лежащую в основе большинства идей Фрейда.
Был профессором физиологии в Венском университете, занимал пост ректора этого университета.
Брюкке был избран в члены Императорской академии наук в Вене.
Эрнст Вильгельм фон Брюкке умер 7 января 1892 года в Вене.