Как и все члены семьи, его отец был художником по фарфору, которым славился Мейсен[2].
В молодости Ганеман освоил несколько языков, в том числе английский, французский, итальянский, греческий и латинский и зарабатывал на жизнь в качестве переводчика и преподавателя языков. В дальнейшем освоил также арабский, сирийский, древнеарамейский и…
древнееврейский[3].
Изучал медицину в Лейпцигском университете, однако после двух лет обучения посчитал клиническую базу университета слабой и перешел в Венский университет, где 10 месяцев учился у Кварина[4]. Практиковать начал в Вене. Начало его врачебной карьеры было не совсем удачно, и Ганеман вскоре должен был поступить на частную службу (врачом, библиотекарем и пр.) Через несколько лет Ганеман поселился в Эрлангене, где в 1779 году, защитив диссертацию в Университете Эрлангена, получил степень доктора медицины; в это же время Ганеман начал высказывать свои разочарования современной медициной и раскрывать недостатки господствовавших теорий и практических приемов лечения, зачастую действительно не имевших тогда разумного объяснения.
В 1790 году Ганеман перевел с английского сочинение («Materia medica») Каллена, фармакологические объяснения которого привели его в сомнение; он немедленно же начал ряд опытов над изучением действия лекарств на здоровый человеческий организм. Опыты эти (первые с хинином над самим собой) привели его к убеждению, что лекарственные вещества вызывают в организме такие же явления, как и болезни, против которых эти лекарства действуют специфически, и что малые дозы медикаментов действуют иначе, а иногда и значительно сильнее, чем большие. Установив теоретически «закон подобия» в действии лекарств и болезненных агентов и создав целое учение о «гомеопатическом» действии лекарств (впервые изложенное им в медицинском журнале Гуфеланда в 1796 году), Ганеман вновь принялся за практику.
Полагают, что Ганеман эксплуатировал научные идеи Гунтера и, скрыв источник, откуда они заимствованы, выдал за свои. Таинственность и оригинальность нового метода лечения на этот раз привлекли пациентов, но все-таки Ганеману прочно обосноваться в каком-либо городе не удавалось; только в 1812 году, поселившись снова в Лейпциге, он, наконец, устроился при университете и открыл курс лекций о «рациональной медицине», как он сам назвал свое учение. Основы этого учения подробно изложены автором в сочинении «Органон врачебного искусства», изданном в 1810 году и явившемся затем катехизисом гомеопатии. В Лейпциге Ганеман оставался до 1820 года, когда ему было королевским указом запрещено приготавливать самому препараты для раздачи больным, и он переселился в Кётен, где практика его приняла обширные размеры. В кётенский период жизни (1821—1835) Христиан Ганеман выпускает четвёртое и пятое издания Organon. Вскоре явились у Ганемана и последователи, начавшие основывать в разных концах Германии гомеопатические общества.
Ганеман скончался в возрасте 88 лет от пневмонии и был погребён на кладбище Пер-Лашез.
