Толерантность отнюдь не означает морального релятивизма. Ее не следует смешивать с безразличием по поводу ценностей. Напротив, толерантность предполагает моральное отвержение, то есть неприятие, определенных ценностей, дистанцирование от них и, возможно, даже их осуждение. Тем не менее субъекты толерантности не только воздерживаются от насилия по отношению к объектам толерантности, но и допускают существование неприемлимых для себя ценностей в публичном пространстве.
Аналог современной толерантности в досовременную эпоху - принцип веротерпимости. Он утвердился после Тридцатилетней войны (которая была, по сути, войной религиозной). Тогда, в середине XVII столетия, было решено, что различия в религиозных убеждениях не должны служить поводом к кровопролитию.