Родился в 1931 года в Тбилиси, в семье инженера и учительницы. Сразу после получения среднего и высшего образования оставил светскую жизнь и выбрал монашество.
По собственному признанию, его всегда особенно интересовала правда, истина, были скучны многие детские игры и когда мать водила его в цирк в детстве то перевернутые зеркала как образ лжи и…
шутовства вызывали у него не улыбку, а грусть. Поэтому почти естественным путем для него была монашеская жизнь.
В 1954 году был пострижен в монахи и в этом же году рукоположён в иеродиакона и иеромонаха. Вскоре после рукоположения служил в храме святого великомученика Георгия Победоносца в с. Илори близ г. Очамчиры, Абхазской АССР (Грузинская ССР). В илорский период о. Рафаил какое-то время совершал по просьбе прихожан отчитки бесноватых, и состояние аффекта с недюжинной силой больных и ненависть их ко всему в христианстве заставили его задуматься об особой демонической реальности, враждебной светлым силам.
Позднее служил в Преображенской кладбищенской церкви в пригороде Сухуми. В сухумский период будущий архимандрит и встретил первого духовного отца (в 2010 г. канонизированного) глинского старца архимандрита Серафима (Романцова) прославившегося особой духовной опытностью, чуткостью к людям и настоящей евангельской любовью. Святой особым образом умел замаскировать любовь и заботу о людях умеренной строгостью, чем и отводил от себя неразумных поклонников. Прп. Серафим прославился также тем, что после закрытия Глинской пустыни в 1961 г., где служил 12 лет в Киргизии жил в непрестанной молитве и сидением ему служил простой камень. Также близко знаком был отец Рафаил с митрополитом Тетрациркойским Зиновием (Мажугой), канонизированным в 2010 г. известным любовью к Иисусовой молитве, и сумевшим сочетать бурную административную дейтельность с постоянной молитвой.
С 1975 года преподавал в Мцхетской духовной семинарии славянский язык и временно исполнял обязанности инспектора. Последним местом его священнической службы был храм святого благоверного князя Александра Невского в Тбилиси.
В 1980-х годах отец Рафаил (Карелин) посещал святые места в России, монастыри, особенно тогда открытый Псково-Печерский монастырь. Духовником его становится схиигумен Савва, документы канонизации которого сейчас собираются. Схиигумен Савва получил техническое образование и после работы инженером на заводе поступил в монастырь, где со временем получил славу человека, познавшего истинную любовь к людям. Известны как минимум несколько случаев исцелений от него уже при жизни. Отец Рафаил в эти же годы оканчивает Московкую духовную семинарию заочно. Схиигумен Савва благословил его писать на духовные темы. Затем отец Рафаил преподавал в Тбилисской духовной академии в разное время славянский язык, историю религии, богословие и аскетику.
Последним местом его священнической службы является храм святого благоверного князя Александра Невского в Тбилиси.
