Главный герой романа — Питер Блад. Его приключения начинаются в городе Бриджуотере незадолго до битвы при Седжмуре. Питер Блад (по образованию бакалавр медицины) оказывает помощь лорду Гилдою, раненному во время восстания Монмута. В дом, где скрывается мятежник, врываются правительственные войска и арестовывают лорда Гилдоя, хозяина дома, Джереми Питта, который привёз Блада к Гилдою, и самого доктора.
19 сентября 1685 года Питер Блад предстал перед судом по обвинению в государственной измене. Суд признал Блада виновным и приговорил к повешению. Но королю Якову II требовались рабы в южных колониях и 1100 бунтовщиков были отправлены туда, в том числе и Питер Блад.
Его, как и других заключенных, доставили на Барбадос, в Бриджтаун, где Питер Блад был продан в рабство полковнику Бишопу за 10 фунтов стерлингов (это было в декабре). Однако вскоре он, благодаря своему лекарскому искусству, стал лечащим врачом губернатора Стида и его супруги. Питер познакомился с мисс Арабеллой Бишоп, очаровательной племянницей полковника Бишопа, девицей двадцати пяти лет и влюбился в неё. В июне-июле 1686 года ему с двадцатью товарищами удаётся захватить испанский сорокапушечный капер «Синко Льягас» и добраться на нём до пиратского прибежища — острова Тортуга.
После долгих и мучительных раздумий (большинство из которых было связано с Арабеллой Бишоп) Блад принимает решение присоединиться к береговому братству. В канун нового 1687 года, после окончания сезона штормов, Питер Блад впервые вышел в море на хорошо оснащённом и полностью укомплектованном фрегате «Арабелла» (именно так теперь называется бывший «Синко Льягас»). Прежде чем он возвратится в мае 1687 года из плаванья, слава о нём промчится по всему Карибскому морю: в Наветренном проливе произошла битва с испанским галеоном, дерзкий налёт на испанскую флотилию, занимающуюся добычей жемчуга у Рио-дель-Хага и захват её, десантная экспедиция на золотые прииски Санта-Мария на Мейне и несколько других, не менее громких дел.
В августе 1687 года небольшая эскадра Блада: «Арабелла», «Ла Фудр» и «Элизабет» — вошла в огромное Маракайбское озеро и совершила нападение на богатейший город испанского Мейна — Маракайбо. Но из-за ошибок Каузака, компаньона Блада, они попали в ловушку, расставленную злейшим врагом Блада — доном Мигелем де Эспиноса. Однако им удалось выскользнуть из ловушки с богатой добычей.
15 сентября 1688 года произошла ещё одна встреча заклятых врагов. Блад снова выиграл сражение, несмотря на двойное превосходство врага, и потопил фрегат «Гидальго» и «Милагросу» — флагман дона Мигеля. Он также спас Арабеллу Бишоп и лорда Джулиана, посланника министра иностранных дел лорда Сэндерленда, которые находились на корабле испанцев в качестве заложников. Однако, вместо благодарности, Арабелла назвала его «вором и пиратом». Это привело Питера в отчаяние, а угроза быть потопленными ямайской эскадрой вынудила Блада принять офицерский патент, который привёз лорд Джулиан, желавший таким образом исполнить свою миссию и очистить Карибское море от пиратов, подобных Питеру Бладу. Примерно через месяц капитан Блад вырывается из ямайского «плена» и возвращается к своей эскадре на Тортугу. Отчаяние от того, что любимая девушка назвала его «вором и пиратом» и что ему не удалось вести честный образ жизни, привело к кризису личности, отчаянию и запою.
В середине февраля 1689 года Блад после многочисленных уговоров товарищей решил согласиться на предложение поступить на службу к французскому адмиралу де Риваролю. Но оказалось, что Питеру Бладу не удалось покончить с пиратством, так как французский адмирал предложил ему настоящий «пиратский» рейд на богатый испанский город Картахену. В середине марта они отплыли в Картахену, но из-за неблагоприятной погоды обе эскадры достигли её только в начале апреля. 5 апреля Картахена, благодаря неукротимой ярости пиратов, сдалась. Добыча составила около сорока миллионов ливров. Но барон де Ривароль сбежал с награбленным. Капитан Блад, погнавшись за ним, спасает лорда Уиллогби, нового генерал-губернатора Вест-Индии и, разгромив эскадру де Ривароля, спасает Порт-Ройял от разграбления. От лорда Питер Блад узнаёт, что Яков II бежал и что Вильгельм III Оранский стал королём Англии.
Обрадованный, что его вынужденная ссылка закончилась, он решает уехать в Англию, но лорд Уиллогби назначает его губернатором Ямайки, вместо полковника Бишопа, забывшего обо всём на свете, мечтавшего лишь о том, как он вздёрнет «докторишку и проклятого пирата» на рее своего корабля. Став губернатором, Питер наконец-то объяснился с Арабеллой и узнал, что она его любит. Так закончилась его долгая и полная приключений одиссея.
