Ученица Зигмунда Фрейда. Правнучка Люсьена Бонапарта.

Одна из первых французских психоаналитиков. Перевела на французский язык и издала на свои деньги книги Фрейда «Одно раннее воспоминание Леонардо да Винчи», «Бред и сны в «Градиве» Йенсена», «Будущее одной иллюзии», «Очерки о прикладном психоанализе», «Метапсихология» и Пять основных клинических случаев Фрейда: «Дора» (1905), «Маленький Ганс» (1909), «Человек-с-крысой» (1909), «Шребер» (1911) и «Человек-с-волками» (1918) (совместно с Рудольфом Левенштайном).

Познакомилась с Зигмундом Фрейдом. Отношения Мари Бонапарт и Фрейда складывались необычным образом. Фрейд вынужден покинуть оккупированную нацистами Австрию. Только благодаря личным усилиям Мари Бонапарт, добрым связям с американским послом и огромному по тем временам финансовому вкладу, ей удаётся спасти его семью и часть его архива.

Мари Бонапарт учреждает первое Парижское психоаналитическое общество, учреждает и издаёт первый психоаналитический журнал во Франции. Основывает клинику Шато Де Гарш.