В прологе повествуется о загадочных создателях монолита, называемых в тексте Первородными (англ. Firstborns). Это представители некоей древней и могущественной цивилизации, которые в процессе изучения галактики пришли к выводу, что во Вселенной нет ничего ценнее разумной жизни.
Космический корабль, занимающийся сбором ледяных комет в поясе Койпера для терраформирования Венеры, обнаруживает странный объект, похожий на обломок старого космического корабля. Но оказывается, что это Фрэнк Пул. Из-за низких температур его тело не подверглось критическим изменениям, и с помощью технологий четвёртого тысячелетия его удаётся вернуть к жизни. Пул начинает исследовать новый для него мир будущего. Через некоторое время он начинает уставать от праздной жизни и роли экзотического экспоната из прошлого. Тогда он решает отправиться к Юпитеру, к конечной цели одиссеи 2001. После изучения поселения людей на Ганимеде, Пул совершает посадку на Европу, и становится первым человеком, кому это удаётся за последнюю тысячу лет. Пул налаживает контакт с Боуменом и ЭАЛом, точнее с тем, чем они теперь стали, и изучает европеанцев. Проходит ещё около 20 лет.
Пул живёт в одной из огромных башен, поддерживающих кольцо вокруг Земли. Внезапно с ним связывается Боумен, предупреждающий об опасности, исходящей от создателей монолита. За тысячу лет сигнал достиг управляющего центра и вернулся с указаниями. Люди решают нанести упреждающий удар по монолиту на Европе. С помощью Боумена и ЭАЛа они загружают компьютерные вирусы, которые тысячу лет хранились в секретном месте на Луне, в монолит, и тот разрушается. Пул забирает на Европе пластину, на которую должны были скопировать свои личности Боумен и ЭАЛ. Остается неизвестным, удалось ли им спастись. Пул помещает пластину в хранилище, чтобы иметь возможность воспользоваться ей через тысячу лет, когда придёт следующий сигнал от Первородных.
Из краткого эпилога можно сделать вывод, что Первородные, давным-давно обратившие свои сознания в чистую энергию и избавившиеся от телесных оболочек, всё ещё наблюдают за земной цивилизацией. Они решают повременить с вынесением приговора человечеству и определить его судьбу только после своего возвращения в «Последние дни».
