Как и в Белом бульдоге , сюжет разворачивается на историческом фоне, в Заволжской губернии России XIX века. В пределах Нового Арарата (Ново-Араратский монастырь, расположенный на самом севере губернии, на острове Ханаан Синего озера) свирепствует некий призрачный Чёрный монах, пугая и даже убивая людей — то один, то другой монах из Ново-Араратского монастыря видит тень святого Василиска, некогда основавшего на прибрежном острове Окольнем Василисков скит. Братия обращается к владыке Митрофанию, прося предпринять какие-либо меры.
После совещания в Заволжске преосвященный отправляет на остров свого фаворита и воспитанника, безбожника и нигилиста юного Алексея Степановича Ленточкина (Алёшу), дабы проверить слухи. Остановившись в ново-араратской гостинице «Ноев ковчег» и пробыв на острове всего несколько дней, Алёша начинает слать оттуда письма одно страннее другого. «Надо Алешу оттуда забирать, хоть бы даже и силком — это самое первое. А уж потом разбираться в ново-араратских чудесах», — говорит Митрофаний, и посылает на остров заволжского полицмейстера, полковника Феликса Станиславовича Лагранжа, дабы выручать Ленточкина. Однако, еще до того как тот отправился в путь, приходит известие, что после встречи с Василиском Алёша попадал в психиатрическую лечебницу (расположенную на том же острове) с острым расстройством психики, он невменяем.
Прибыв на остров, напористый Лагранж решает лично разобраться с мистическим Чёрным монахом и, прихватив револьвер, ночью направляется к избушке, у которой Ленточкин и встретил привидение (и где прежде жила семья бакенщика, которую несколько ранее также сгубил Чёрный монах). Наутро его находят с простреленной грудью — предполагается самоубийство.
Тогда преосвященный срочно командирует туда своего помощника, одного из своих духовных чад, товарища окружного прокурора Матвея Бенционовича Бердичевского. Однако и и он, после нескольких дней пребывания, лишается рассудка и помещается в ту же лечебницу доктора Коровина. Получив такие известия, Митрофаний тяжело заболевает.
И тогда монахиня Пелагия втайне (и вопреки воле преосвященного) отправляется расследовать появления таинственного убийцы.
