Родился 5 января 1946 года в Красноярске. Окончил Московский геологоразведочный институт (1968). Работал геологом в Сибири, затем переселился в Москву.
Публиковал рассказы с 1962 года в местной печати, с 1971-го — в Москве. В литературных кругах приобрёл известность после публикации цикла рассказов с предисловием В. Шукшина в журнале «Новый мир» (1976, № 4). В октябре 1978 года был принят в СП СССР, из которого (вместе с Виктором Ерофеевым) исключён 16 мая 1979 года за участие в редколлегии неподцензурного альманаха «Метрополь»; в декабре 1980 года исключён также и из Литфонда СССР. В мае 1980 года вошёл в неофициальный московский «Клуб беллетристов», участвовал в неподцензурном альманахе…
«Каталог». Выпустил на Западе книгу рассказов «Веселие Руси» (Анн Арбор: Ардис, 1981). Первый после этих событий рассказ на родине опубликовал только в 1986 году в журнале «Юность» (№ 11). С тех пор широко печатается как прозаик и эссеист в российских журналах и альманахах «Знамя», «Новый мир», «Волга», «Весть», «Зеркала», «Вестник новой литературы», «Огонек», «Согласие», «Дружба народов», «Континент», «Октябрь». Критики единодушно отмечают социальную иронию, «фирменный канцелярит», любовь к воспроизведению анекдотических, «конфузных» ситуаций и к необязательному письму, неизменно отличающие писательскую манеру Е. Попова. «Я утверждаю, — говорит С. Боровиков, — что Евг. Попов — национальный писатель, и если это писатель не того масштаба, к которому мы привыкли, говоря о национальном писателе, то дело лишь в эпохе» («Волга», 1999, № 2).
Евгений Попов опубликовал также пьесу «Хреново темперированный клавир» в журнале «Волга» (1996); поставлена в Баден-Бадене (1992) и Амстердаме (1996). Инсценировка по книге «Прекрасность жизни» поставлена в саратовском театре АТХ. Вёл рубрику светской хроники «Та ещё неделя» в газете «Неделя» (1997—98), как журналист сотрудничал с журналом «Огонёк».
Произведения Попова переведены на английский, испанский, китайский, немецкий, финский, французский и др. языки.
Член исполкома (с 1989), вице-президент Русского ПЕН-центра, сопредседатель Союза российских писателей (с 1996), редколлегии красноярского журнала «День и ночь». Был членом общественной редколлегии книжной серии «Анонс» («Московский рабочий», 1989—90), редсовета журнала «Дружба народов», редколлегий журналов «Вестник новой литературы», «Соло». Входил в жюри Букеровской премии (1996).
Отмечен премиями журналов «Волга» (1989), «Стрелец» (1995), «Знамя» (1998), «Октябрь» (2002).
Женат на писательнице С. Васильевой.
В 1962 году за участие в самиздатовском журнале в Красноярске был исключён из комсомола, в котором, однако, никогда не состоял. Первый рассказ «Спасибо» опубликовал в 1962 году в газете «Красноярский комсомолец».
После окончания Московского геологоразведческого института им. С. Орджоникидзе (1968), работая геологом на северо-восточных «просторах нашей Родины чудесной», он создал множество рассказов, где в качестве скромных героев эпохи выступали сибирские бичи, пьяницы, проститутки, чиновники, интеллектуалы, графоманы и коммунисты.
Первая серьёзная публикация в журнале «Новый мир» (1976) с предисловием Василия Шукшина принесла ему всесоюзную славу. Принятый в Союз писателей в 1978 году, Попов через семь месяцев и тринадцать дней был из Союза исключён за создание (вместе с Василием Аксёновым, Андреем Битовым, Виктором Ерофеевым и Фазилем Искандером) легендарного неподцензурного альманаха «Метрополь», вышедшего на Западе и ставшего причиной последнего крупного литературного скандала «брежневской эпохи». В 1980 преследовался КГБ как один из авторов и редакторов альманаха современной литературы «Каталог», опубликованного в США. В 1988 году восстановлен в Союзе писателей. В мае 1980 вошёл в «Клуб беллетристов».
В последнее время широко печатается как прозаик и эссеист в российских журналах, альманахах, газетах «Знамя», «Новый мир», «Волга», «Весть», «Зеркала», «Вестник новой литературы», «Вестник Европы», «Огонёк», «Согласие», «Дружба народов», «Континент», «Октябрь», «Столичная вечерняя газета», «Эсквайр», «Взор», «Сноб», интернет-издание Грани.ру и др.
Евгений Попов является секретарём Союза московских писателей, одним из основателей Русского ПЕН-центра, ассоциированным членом Шведского ПЕН-центра. Отмечен премиями журналов «Волга» (1989), «Стрелец» (1995), «Знамя» (1998), «Октябрь» (2002), премией Союза писателей Москвы «Венец» (2003), памятным знаком венгерского Министерства культуры «Pro cultura Hungaria» (2005), премией «Триумф» (2009).
Рассказы Попова радуют многообразием, что относится как к выбору судеб и персонажей, так и к манере, в которой соседствуют трезвый реализм, трагическая ирония и расширение повествовательной перспективы через сказ.
В 2011 году Евгений Попов в соавторстве с Александром Кабаковым издал книгу воспоминаний «Аксёнов». Авторов крайне волнует вопрос «писательской судьбы», относящийся к хитросплетениям биографии, рождению большой Личности. Сверхзадача книги — противостоять искажению фактов в угоду той или иной конъюнктуре.
