Яков Иванович Алфионов родился в Саратове 20 февраля 1850 года, он был старшим сыном в семье священника Иоанна Алфионова и его супруги Александры Яковлевны. Впоследствии после кончины супруги его отец принял монашество с именем Александр и был в сане архимандрита настоятелем Спасо-Преображенского мужского монастыря г. Саратова.
Яков окончил Саратовское духовное училище, в 1870 году Саратовскую духовную семинарию, а спустя четыре года успешно окончил церковно-историческое отделение Казанской Духовной Академии со степенью кандидата и с правом «при искании степени магистра не держать устного испытания». 24 сентября 1874 года по прочтении двух лекций на темы «О капитуляциях Карла II» и «О…
