Нарадзіўся ў 1957 годзе ў Эльблонгу, у сям'і беларускіх інтэлігентаў. Бацька – Юры, выхадзец з-пад Шаркоўшчыны на Віленшчыне (зараз Віцебская вобласць). Маці – Вера (з роду Стоцкіх) з наднарваўскай вёскі Лука на Беласточчыне.
У 1965 годзе сям'я Латышонкаў пераехала ў Беласток «да сваіх». Тут Алег скончыў школу і ліцэй, дзе быў адным з заснавальнікаў скаўцкай воднай дружыны «Чаму б не» ды аўтарам яе назову.
У 1980 годзе скончыў гістарычна-філязафічны факультэт Ягелонскага універсітэта ў Кракаве. Вярнуўшыся ў Беласток працаваў настаўнікам гісторыі ў сельскагаспадарчым механічным тэхнікуме ў Супраслі.
У 1982 годзе аршытаваны за дзейнасць у падпольным руху «Салідарнасць», восем месяцаў правёў…
у беластоцкім арышце. Пасля вызвалення выехаў у Кракаў, дзе працаваў у Кракаўскім Гістарычным музеі і ў Інстытуце даследавання Палоніі (польскай дыяспары) Ягелонскага універсітэта.
У канцы 80-х далучыўся да беларускага студэнцкага руху. Быў адным з заснавальнікаў беларускага рокавага фестывалю «Басовішча» і аўтарам яго назвы. Сябра-заснавальнік нефармальнага Беларускага Клуба, які займаўся падрыхтоўкай да палітычнай дзейнасці апазіцыйнай беларускай эліты.
У 1991 годзе вярнуўся ў Беласток і распачаў працу ў Музеі Войска, адначасова ведучы актыўную грамадска-палітычную дзейнасць. У 1992-1994 гадах старшыня Галоўнай Рады Беларускага Дэмакратычнага Аб'яднання, адзінай партыі нацыянальнай меншасці ў Польшчы. У 1993-1997 гадах працаваў журналістам тыднёвіка “Ніва”. З 1995 – сябра Ўправы Беларускага саюза ў Рэспубліцы Польшча, з 1997 намеснік старшыні Цэнтра грамадзянскай адукацыі Польшча-Беларусь. У 1998 годзе сустваральнік беларускага радыё «Рацыя».
У 1996 г. абараніў кандыдацкую дысертацыю ва Ўніверсітэта імя Мікалая Каперніка ў Торуні («Беларускія вайсковыя фармаванні 1917-1923»). З 1997 года – выклачык Кафедры беларускай культуры Беластоцкага універсітэта. Разам з Яўгенам Мірановічам напісаў падручнік «Гісторыя Беларусі ад паловы XVIII да канца XX стагоддзя».
У 2007 г. ва Універсітэце імя Мікалая Каперніка ў Торуні абараніў доктарскую працу «Ад русінаў белых да беларусаў. Вытокі беларускай нацыянальнай ідэі». У 2008 годзе перавёўся на Кафедру міжнародных адносін у Інстытуце гісторыі Беластоцкага ўніверсітэта. У гэтым жа годзе ўбачыў свет першы том збору яго твораў на беларускай мове «Жаўнеры БНР».
З 1996 года – старшыня Беларускага гістарычнага таварыства, сябра Усходнеславянскай камісіі Польскай Акадэміі Умення і Камісіі славянскіх даследаванняў Камітэта гістарычных навук Польскай Акадэміі Навук.
У 2000 годзе адзначаны адзнакай «Заслужаны дзеяч культуры». У 2008 – Кавалерскім крыжам Ордэна Адраджэння Польшчы.
У 2009 годзе ў Вільні выдаў кнігу «Нацыянальнасьць — Беларус». Кніга прысвечаная пытанням этнагенэзу беларусаў.
